Для этого используется команда - deluser в Debian и производных системах, а в RHEL - userdel

Для удаления пользователя с сервера лучше использовать расширенный способ, который мы рассмотрим ниже. Когда пользователи используют сервер, они запускают различные программы и сервисы. Пользователь может быть правильно удален, только если он не залогинен на сервере и все программы, запущенные от его имени остановлены, ведь программы могут использовать различные файлы, принадлежащие пользователю, а это помешает их удалить. Соответственно тогда файлы пользователя будут удалены не полностью и останутся засорять систему.